Вопрос про сюжет The Callisto Protocol

Почему начальник в начале игры не убил выживших с корабля? а сделал заключенными?

Какая была причина оставлять жизнь главному герою?

Второе....почему герою вместо вируса, виделся фиолетовый квадрат?

Сам пытался найти ответы, смотрел долгие видео про сюжет, но на эти 2 вопроса не нашел ответа.

У кого какие мысли?