Была такая же проблема. Помимо песен, которые выпиливает правообладатель, пропадали лайки на некоторые треки. Поддержка подсказала, что лайки могут быть случайно убраны с всплывающего окна приложения, если оно открывается при заблокированном телефоне. Треки, с которых ты лайки убрал можно отследить в истории прослушивания через десктопную веб-версию приложения.