Ну вообще можно поставить прогу для мониторинга температур и попробовать разные варианты. Может без них вообще лучше будет? Если есть спереди вдув, то я бы их просто сеточкой прикрыл от пыли. Верхнее окно напротив ЦП, а там стоит неплохой вроде вентилятор, который в том числе и из окна сосет воздух, и тут ставишь напротив него еще один меньше и хуже, который будет только нарушать воздушный поток.