Это не баг. Это норма. У меня тоже самое было при первом прохождении. Я Минеру получил третьей по счёту.
Значит так, если хочешь решить этот мейн-квест, просто возвращайся в Какарико и подходи к тому челу с очками, который тебя НЕ ПУСКАЛ к колёсным руинам. Лично я так его и продолжил дальше