А есть ли выбор? Для плохой концовки надо зафейлить эти моменты:

[Критично] Опустите оружие, когда впервые встретите капитана на крыше.
Помогите переместить дерево, когда капитан попросит вашей помощи.
При встрече с бандитским снайпером выберите правильный вариант, не убивайте его. Оставите бандита живым.
Когда на резервной базе огни погаснут, и вы сидите рядом с капитаном, то поделитесь с капитаном едой. Этот вариант будет правильным.
[Критично] Установите все пять ловушек для капитана на его квартире. Вам нужно установить все ловушки, прежде чем покинуть этот район.
После того, как вы во второй раз победите существо «Крылатая мышь» вы попадете на большую территорию с несколькими интересными точками. Идите на юг, чтобы найти «?». Капитан попросит вас найти тела его пропавшего экипажа.
[Необязательно, но рекомендуется] Воссоединитесь с двумя братьями и выполните побочный квест, когда будете в южной части карты. Вам нужно будет проверить все области с «?» знаком, чтобы найти оба укрытия, а затем использовать код в автосалоне.
В конце игры выберите опцию, чтобы уничтожить суб.