То есть когда он резал людей ноунеймов в первой части за Джоэла и ему было ок, хотя как написано он считает его злодеем, то во второй части ему вдруг стало сложно? 
Мы идем по пути мести, никто не просит вставать на ее пути, это их добровольное решение (ну или приказ). Но так или иначе это все неважно, это постап, пусть и с остатками цивилизации, общины и воевать друг с другом в порядке вещей. 
Чем может быть мерзко играть за Элли, которая убивает врагов? Да они ей не сделали ничего плохого, но у них вообще-то пушки и они сами готовы стрелять, не вижу проблем.
Другое дело, когда Эбби предает свою общину и идет по их головам. И пускай она там явно не то что бы всех любила, но к ней как я понял все относились хорошо. 
Почему-то, все ставят вопрос, только когда условно община Джексона воюет с волками. Но когда волки со шрамами, там сразу все понятно и можно их со спокойной душой мочить.
Короче к чему это я. Автор явно что-то недоговаривает, говорит что хочет иметь последствия для себя или моральный выбор, но при этом сам спокойно уничтожает определенный контингент.