Из-за гораздо меньшего масштаба по сравнению с первой кампанией, история Aftermath кажется более цельной и понятной. Вдруг выясняется, что без короны Кроники переделать реальность и откатить все негативные изменения с помощью часов не получится. Так что Шан Цзун, пребывавший всё это время в Пустоте, Ночной волк и Фуджин отправляются в прошлое и прыгают через порталы по различным важным для сюжета местам, чтобы эту корону украсть.