"Application" переводится, кроме всего прочего, и как "прикладывание" (одного объекта к другому), и как "назначение". В английском оно имелось в виду как "программа с определенным *назначением*", но в русском перевели с контекстом "прикладывание". Наверное, потому, что это был единственный более-менее читабельный перевод. Вот с тех пор оно так и называется.
Надо заметить, что трактовка "программа с определенным предназначением" столь же идиотская, сколь и термин EDM - "электронная музыка для танцевания".