Можно попробовать Starbound, но это к сожалению не совсем то, что подходит под твое описание. Там есть свобода исследования, цивилизации (ну точнее деревни), космические корабли и станции. Жаль, что это малобюджетная 2d игра и ни разу не космосим. Вдобавок разработчики на нее уже давно забили.