Не прекратив заниматься самбо, Федор в 2002 году выиграл чемпионат России, затем чемпионат мира в Греции. В Панаме Федор стал первым в абсолютной весовой категории на чемпионате мира по боевому самбо. Затем в 2003 году Федор Емельяненко выиграл звание чемпиона мира по боям без правил версии «Прайд», победив прошлого чемпиона Антонио Родриго Нагиера. Множество сильнейших бойцов потерпели поражение в схватке с Федором, среди них Сэм Шилт, Хиз Хиринг, Казуюки Фуджита, Гари Гудридж.