хз, не играл конечно, но походу это следствие того, что сначала придумали сеттинг, а потом додумали это всё

Так в этом и суть. Динозавров и тд не создали люди. Поэтому, у нее как раз и возникла мулька, что нужно вернуть планету в исходное состояние «до людей» (с динозаврами и прочей дичью)

Меня больше заинтересовал вопрос, почему человечество осилило создание банка данных всех живых существ, колыбели с инкубаторами, бункер, где учёные должны доживать свой век. Но не смогли создать бункер с замкнутый экостстемой, в котором человечество(его часть) переждало бы тераформирование, без необходимости полностью положиться на искусственный интеллект.

Это как раз таки логично. Существующая морфология животных возникла не случайно, она миллиардами лет совершенствовалась, становясь всё более надёжной, и эффективной. Возможно Гея использовала наработки природы осознанно, а может быть и провела трудоёмкий процесс отбора, и пришла к тем же выводам, что и эволюция.