Я по своему опыту могу сказать, что можно успешно совмещать основную архитектуру с прототипами, важен баланс между трудозатратами геймдизайнера и программиста, который будет готовить инфраструктуру в виде инструментария и API. Еще раз повторюсь, что в случае с нашим проектом это необходимо, потому что геймплейные механики неразрывно связаны с пошаговостью (система раундов) и тайловой сеткой, а давать отдельно прототипировать такие вещи геймдизайнеру нецелесообразно ввиду их сложности.