Cooldown дискет - это механика, которая работает на две вещи:

1. Это ограничение на скорость развития колоний. У разных дискет разная "цена" времени. Это особенно видно в режиме Reverse.

2. Мне очень не хотелось делать игру, где нужно очень быстро всё прокликивать. Пока идёт перезарядка, можно расслабиться, изучить поле боя, запланировать куда лететь дальше.