В Commandos 3 каждая миссия отличается от предыдущей и бросает вызов игроку. Есть стелс-миссии, но также и динамичных уровней хватает, таких, как захват пляжа, штурм вражеской крепости или организация засады на вражеский конвой. Не говоря уже об одной из самых красивых миссий в игре – взять под контроль немецкий поезд, прежде чем он покинет Францию и попадёт в Германию.

Другой пример новой ситуации – управление отрядом из десяти солдат, атакующих немецкий гарнизон, в котором засело порядка 100 фрицев, а ещё танки и другая техника. Подготовьтесь к штурму, ликвидируйте вражеские линии обороны и атакуйте, когда будете готовы.