После выхода Metal Gear Solid студия Кодзимы сразу начала разработку сиквела, уже для PS2. Первоначальное название игры было Metal Gear Solid III. Оно символизировало башни Мирового торгового центра, но позже от этого названия отказались. Также Хидео часто менял сюжет, первоначально он должен был происходить в Ираке. Не определившись до конца, Кодзима начал разработку проекта в 1999 году. Над проектом в сумме работало около 70 человек, а Едзи Синкава опять занял место арт-директора.