Данный фильм имеет определенный библейский подтекст. Он выражается через слова агента Смита о том, что первая “Матрица” была идеальным миром, в котором не было место боли и страданиям – корни явно идут из Сада Эдема с Адамом и Евой. Также библейский подтекст виден в том, как Морфеус и его окружение зовут Нео “избранным”, подобно волхвам, нашедшим Иисуса и в самой задаче “избранного” условно спасти человечество, подобно тому же персонажу.