1. вес файла ничего не значит. Значит количество Треугольников. Вес можно и сжать например, а количество треугольников влияет на производительность игры.
2. можно и квадратик класть, реализаций может быть огромное количество и тут уже зависит от вкуса фломастеров
3. опять же от вкуса фломастеров зависит. главное понимать для чего используются префабы, их суть - это использование копий объекта, таким образом если домов будет много то префаб имеет смысл использовать, если карта статичная, а не процедурно генерируемая. все дома в один префаб не очень хорошая идея, лучше просто использовать менеджер префабов чем префаб префабов префабов.