попытка сделать мюзикл аля Дисней-стайл, да песенки все сводятся к ля-ля-ля-ля.

Не соглашусь как минимум по одной причине: в мюзиклах Диснея поют не-певцы. Сузу – певица, и почему она начала петь/заинтересовалась музыкой и её звучанием нам рассказали, начиная с ещё раннего её детства.
Да и петь она начинает не с ходу, Lend Me Your Voice она именно что учила. Вдобавок нам показывали множество черновиков других её не звучавших песен.
И за самой песней стоит контекст. Самый первый и простой: тот факт, что петь она не могла от слова совсем вплоть до того, пока не вошла в U, потому как поначалу любая песня навеевала на неё неприятные воспоминания.
U как бы позволил ей освободиться, "начать заново", как говорится в описании самого U.

Красивая картинка портится рванным монтажом и смесью посредственного 3DCGI и стандартной анимации.

Если бы не разнообразные украшения картинки различными эффектами, блёстками, созданными для того, чтобы максимально замаскировать это 3D, я бы согласился.
Но так, опять же, на мой взгляд, они сумели сделать его таким, чтобы оно смотрелось очень уместно.

Один момент для меня излишне заметен – то, что дизайн Белль не особо вписывался в стилистику Мура. Но это уже не к 3D вопросы, а в целом. Возможно этого эффекта и хотели, Белль ведь водили туда-сюда по красивым местам, чтобы запутать и не вывести к замку.
Да и такие кадры, вместе взятые, длились секунд 10.

Постоянные сообщения заполняющие экран так же вырывают от погружения.

Контраст же. Социальной жизни U и довольно спокойной её, где как раз этих окошек нет.
Но это вкусовщина уже, как мне кажется. Может и вправду сильно раздражает кого-то.

Сюжет отдельно вызывает недоумения - слишком много всего запихали в такой короткий фильм. И предыстория, и сюжет с поимкой дракона коррумпированным полицаем (модератором?) в вирте, и несколько любовных линий, и становление героини как местного идола. За 2 часа просмотра у меня так и не возникло понимания, что именно хотел сказать автор, чем хочет быть этот фильм. Такая каша куда запихнули все, что пришло в голову.

И тут так же не соглашусь.
Хосода поднял перечисленные тобой темы, насытил их, но не в равной мере (теме с отцом парней, например, меньше всего времени уделил, хотя теоретически она может быть куда обширнее; во многом потому, что она была необходима, но рассказывать в то же время нужно было не про неё) и ответил на них. Причём чётко. И про предысторию (Сузу её даже дважды переосмыслила (на параде и в автобусе), если ещё и начало не считать, когда она ко всей этой ситуации относилась больше негативно), и про админа (больше админ, ибо мир наделил его доступом к коду), который на самом деле не для добра старался. Любовную линию двух героев (не Сузу и дракона) тоже хорошо рассказал: и то, как стеснялись, и то, как признавались, и то как уже без стеснения были вместе. И про местного идола рассказал легко и просто словами её подруги «Это U»/«Это Интернет».
Появилась из ниоткуда и сразу в хит-парад. Вот и заинтересованность к ней. Ну и сама песня (потом и песни) слушателей цепляла.

Тяжело было досмотреть очередные страдания девочки подростка

Мне наоборот показалось, что страданий маловато показали. Персонажи каждый раз упоминали, как Сузу вечно было плохо, но я увидел лишь то, что Сузу куда чаще просто старалась от всего этого дистанцироваться, примириться или (и) перенаправить эмоции в нужное для себя русло – свои песни.