Все три идеи Вы хорошо заметили. Первая, на мой взгляд, наиболее близкая. Ещё добавлю к комментариям, что мы не просто собираем паззл, восстанавливая личность Гаррье с чистого листа, но и изменяем её, формируем.

Эх... всё как у энтих психологов...
Первый раз дошёл до финала. Отрицание. Гнев.
Загрузился с середины. Дошёл до конца. Принятие.
Прошёл ещё раз. Просветление.
Кстати, только что понял, что концепция психологов (это не об игре) содрана с 4 благородных истин Дзен (страдания, источники, пути, пресечения).

А то, что Вас ни одна идея полностью не устраивает, - это только говорит о том, что игра в своём плане отличная. И не должно быть одного универсального, устраивающего всех, объяснения.

У Достоевского в романе Идиот, например, часто встречаются религиозные отсылки, которые подводят читателя к мысли, что показано пришествие Христа. Кажется, что это - главный герой, - добрый, смиренный князь Мышкин. А потом, ловишь себя на мысли, что нет. На самом деле отсылкой ко Христу может быть и непредсказуемая, хаотичная и жестокая Настасья Филипповна, которая на своём жизненном пути является таким анти-героем по причине того, что впитывает в себя и несёт все страдания людей. Вот и Гаррье в чём-то такой же.