Ручками. Берешь Photoshop, берешь мышку, рисуешь по группам слоев, рисуешь так по кадру, потом объединяешь группы слоев в слои (чтобы были готовые кадры) и экспортируешь.

Есть ещё специальные приложения в духе Asperite, но тот же Фотошоп ничем не хуже.