События сиквела разворачивались через год в вымышленном городе Эдвард-сити (названным в честь доктора Эдварда Кирка из прошлой игры) и его окрестностях. Несмотря на трагедию на острове Айбис, эксперименты с «Третьей Энергией» продолжаются, и конечно же, всё снова идёт наперекосяк и территорию захватывают ящеры мезозойской эры. Армия отправляет спецподразделение T.R.A.T. цель которого: пройти через «Врата времени», найти выживших и собрать остатки данных о Третьем энергетическом проекте.