Снейка отправляют на задание в СССР. Задача – похитить ученого, который создает ядерное оружие. По рации героя поддерживает наставница Босс. Девушка воспитала много великих бойцов и заслужила прозвище Мать спецназа. Операция идет не по плану: Снейк переживает шокирующее предательство, на него охотятся опасные враги, а положиться не на кого. В оригинале сюжет был блестящим, его называют одним из самых эмоциональных в играх. Konami обещает, что сценарий останется прежним.