Над братом не измывался в детстве - уже объяснили в комментах, что я Томми не так понял. Джоэл заставлял его бандитствовать вместе с ним уже после апокалипсиса, но до событий игры.
А про убийство невинных он почти прямым текстом Элли говорит, что "был по обе стороны баррикад", когда они попали в засаду бандитов. А на вопрос Элли "Это надо понимать как то, что ты убивал невинных людей" он ответил: "Понимай, как хочешь".