Есть несколько теорий. Самая популярная - биогенная. Это о том что нефть это остатки разложения животных и растений на дне водоемов)

Есть абиогенная. Менделеев ее предлагал если не путаю. Это о том что нефть после реакции воды на разломы в земной коре.

И есть поехавшая теория что эта залупа попала к нам из космоса. Не помню кто предложил, но мастера гугла наверняка копипастнут. И у нее много сторонников среди ученых)