Проходил на Mednafen, но там система поддержки многодисковых игр немного сложна для краткого объяснения. В одну папку скидываешь образы дисков в формате bin/cue и в той же папке делаешь .m3u файл, в котором перечисляешь в столбик все названия .cue файлов игры. Выглядеть будет как на скриншоте. Потом прямо в эмуляторе нажимаешь F8, чтобы открыть привод, и F6, чтобы сменить диск (он прямо в интерфейсе будет подписываться как Disc 1, Disc 2 и т.д.)