События игры начинаются незадолго до первой части. Кратос, ставший слугой Ареса был отправлен на остров Атттика для помощи городу в отражении атаки персидских варваров. Вскоре, выесняется что варвары привели в город гигантского ящера Василиска. Кратос выбивает глаз Василиска осадным тараном, после чего преследует его до города. В городе Кратос убивает царя персов и забирает у него силу огненного демона Ифрита. Кратос догоняет Василиска у руин моста и убивает, вырвав ему челюсть.

Кратос смотрит на небо, и у него на глазах мир окружает непроглядная тьма, и солнце падает на землю. Кратос отправляется в храм Гелиоса, бога солнца, где он сражается с нечистью и стражами Гелиоса. Дойдя до храма, Кратос разговаривает с Афиной, богиней мудрости, которая говорит что Гелиос был сброшен с небес, а на его место встал бог тьмы и снов Морфей. Кратос спускается в святилище Эос, сестры Гелиоса, та даёт ему солнечный щит Гелиоса и рассказывает, что Гелиос был похищен титаном Атлантом. Идя по храму, Кратос слышит знакомую ему мелодию, и понимает, что эту мелодию играла его покойная дочь Каллиопи. При помощи щита Кратос восстанавливает огненных коней Гелиоса, и на них летит в подземный мир.

В подземном мире Кратоса преследуют воины Аида, бога Ада. Кратос приходит к реке Стикс, и требует перевозщика Харона отвести его к дворцу Аида, но Харон отказывается и сжигает Кратоса в зелёном огне при помощи своей маски, после чего сбрасывает Кратоса в реку Стикс. Кратос просыпается в темнице Тартаре, где срывает с себя цепи и ищет выход. По пути на поверхность Кратос находит легендарное оружие - перчатку Зевса и видит, что цепи сдерживающие титана Атланта порванны. На поверхности, Кратос вновь сражается с Хароном и прибивает его его же косой к кораблю. Кратос нагибается за маской Харона, но тот в этот момент со смехом отрубает себе ноги и будто привидение летает над Кратосом. Кратос убивает Харона перчаткой Зевса и держит курс во дворец Аида. У дворцового порта Кратос видит Каллиопи, но та смеясь убегает во дворец, а двери запираются следом за ней. Кратос убивает слуг Аида и попадает в небольшой сад, в центре которого стоит гигантское дерево, а у дерева сидит жена Аида Персефона. Персефона предлагает Кратосу отдать ей его способности и оружие в обмен на возвращение дочери. Кратос соглашается и дерево высасывает из него всю силу, после чего цепи, татуировки и пепельный оттенок кожи исчезают.

Кратос оказывается на Елисейских полях, где его джала Каллиопи. Следом поевляется Персефона, которая объесняет Кратосу, что это она свергнула Гелиоса и освободила Атланта. При помощи силы Кратоса и Атланта, Персефона надеялась разрушить башню, отделяющую Ад от земли и устроить вселенский хаос. Кратос понимает, что должен вернуть себе силу и убивает души Елисейских полей на глазах плачущей дочери. Кратос догоняет Персефону, но та отращивает себе 4 крыла и летит к вершине башни. Кратос зацепляется клинком за Персефону и летит следом. Персефона пытается убить Кратоса при помощи Атланта, но Кратос заковывает Атланта в цепи. Кратос собирает всю силу в щит Гелиоса, после чего ослепляет Персефону и протыкает её перчаткой Зевса. Игра заканчивается разговором Кратоса и Атланта и фразой Атланта МЫ ЕЩЁ ВСТРЕТИМСЯ. После титров мы видим Кратоса, летящего к утёсу над Эгейским морем и двух неизвестных богов (сюдя по всему, Зевса и Афину) снимающих с него перчатку Зевса и щит Гелиоса.