Для этого нужно погрузится в прошлое. Игра начиналась как сюжет о элли как последней надежды человечества как иммунной к грибку. Первая часть раскрывает отношения взрослого мужика и маленькой девочку которую тот помогает доставить доставить в   организацию цикад, которые ищут вакцину. Но в конце герои узнают что у тех есть несколько иные планы на элли, и собираются ее вскрыть и на открытом мозге исследовать ее иммунитет к грибку. Джоэл решает что цикады мутные и методы их не стоят жизни элли , к которой он привязался.

Вторая часть из спойлеров раскрывает что она "не такая" , "особенная" не потому что имеет имунитет к грбку, а потому что она "уникальная личность" с особыми сексуальными пристрастиями.  И что основной сюжет будет строится не вокруг спасения человечества и выбором между смертью и жизнью элли, а тем ее везде гонят за ее "особенность" не в плане иммунитета. 

Ну и в сливах показали как эта хрупкая девчонка крошит кучу взрослы мужиков. Смерть джоэла, и все такое. 

Если коротко, то показали, что Элли лесбиянка. У блюстителей морали пердаки возгорелись, вот и все. Лесбиянок же в реале не бывает, и в первой части никаких намеков на это не было.