Действие Soul Hackers 2 происходит в середине 21 века, где некое разумное существо из данных и информации по имени Айон (Aion) наблюдает за миром. Когда Айон обнаруживает, что судьба мира в опасности, он отправляет на Землю двух агентов — автономных фрагментов и физических воплощений разума Айона по имени Ринго (Ringo) и Фиг (Figue), чтобы найти и защитить двух людей, которые необходимы для спасения мира. Однако шокирующая правда в том, что это люди уже мертвы.